Natürlich gibt es auch bei der Baufinanzierung Schattenseiten die dem Kunden nicht sofort mitgeteilt werden. Ein Nachteil ist, dass viele Berater die Kunden im Unklaren lassen wie es mit der Rückzahlung des Darlehens bei etwaigem Eintritt von Arbeitslosigkeit oder einer längeren Krankheit aussieht. Dafür werden den Kunden Kapitalbildende Lebensversicherungen angeboten, die aber meist nutzlos sind. Das sind zusätzliche Kostenfaktoren und ein nicht unwesentlicher Baufinanzierung Nachteil für den Kunden.
Meist wird eine Zinsersparnis auf diesem Weg versprochen, die aber unrealistisch ist. Die tatsächliche Belastung durch die Kombination der Baufinanzierung mit einer Lebensversicherung ist oftmals höher, als wenn die gesamte Summe als Finanzierung in Anspruch genommen worden wäre. Als ein weiterer Nachteil einer Baufinanzierung ist anzusehen, dass durch die Höhe der Finanzierungssumme und die lange Laufzeit eine Abhängigkeit zu der jeweiligen Bank entsteht. Wurde die gesamte Antragstellung und Abwicklung der Baufinanzierung über das Internet erledigt, besteht für manchen Kunden der Nachteil dass er keinen persönlichen Ansprechpartner zur Verfügung hat. Auftretende Fragen und Probleme können nur über einen unpersönlichen Kontakt ohne eine direkte Kundenbetreuung geklärt werden. Viele Berater, die im Finanzsektor beschäftigt sind, arbeiten nur für eine bestimmte Bank oder Bausparkasse und bieten natürlich dessen Produkte dem Kunden an. Der Nachteil dieser Beratung besteht darin, dass der Kunde von anderen möglichen Finanzierungskonzepten nichts erfährt.